پژوهش حاضر به بررسی تأثیر ساختار سازمانی و سیستم ارزیابی عملکرد بر عملکرد مالی و غیرمالی سازمانی پرداخته است. بدین منظور سیستم ارزیابی عملکرد از دو منظر کارت ارزیابی متوازن و مراحل پیشرفت آن و ساختار سازمانی بر اساس طیفی پنج‌گانه اندازه‌گیری شد. اطلاعات موردنیاز برای متغیرهای عملکرد مالی و بعد مالی کارت ارزیابی متوازن از صورت‌های مالی شرکت‌های نمونه استخراج گردید. همچنین اطلاعات ساختار سازمانی و ابعاد غیرمالی کارت ارزیابی متوازن از طریق ارسال پرسشنامه الکترونیکی به اعضای هیئت‌مدیره و مديران ارشد جمع‌آوری شد. در این راستا تعداد 170 شرکت نمونه از 30 صنعت بورس اوراق بهادار تهران انتخاب و درنهایت 127 پرسشنامه‌ی تکمیل‌شده دریافت گردید؛ متغیرهای تحقیق با استفاده از آزمون‌های مقایسه‌ای بررسی شدند. یافته‌های پژوهش نشان می‌دهد که در محیط اقتصادی ایران، میان نوع ساختار سازمانی و نتایج عملکرد سازمانی ارتباط وجود داشته و نتایج عملکرد در ساختارهای ارگانیک بهتر است. همچنین تأثير معیارهای ارزیابی عملکرد بر عملكرد سازمانی در سازمان‌هاي مکانیکی بيشتر و تأثير سيستم‌هاي علّی-معلولي و انگيزشي بر عملكرد در سازمان‌هاي ارگانيکی بیشتر است.